草薙素子之后，巴特與偵探出身的陀古薩結為搭8090電影網。近期發生多起機器人偶殺害主人繼而自殺的事件，由于受害者家屬均無公訴，且死者中有政客與公安官員，于是公安9課派出巴特小組調查此案。殺人人偶皆為荒涼地帶公司出品的哈德莉機型，應部分顧客要求，該機型同時具備異性玩伴的功能，巴特從荒涼地帶公司出貨官遇害入手，卷入與黑幫的戰斗，期間有人入侵他的大腦，使其自殘。巴特決定直奔荒涼地帶總部，他與陀古薩拜訪了擇捉島上的黑客基姆，后者布下系統陷阱，幸有素子提出警告避免陀古薩陷入控制。依靠基姆這條線索，巴特登上了荒涼地帶公司設立在海上的工廠船，素子再次降臨他的身邊，與其并肩作戰。……